[摘要]美國(guó)勞倫斯·利弗莫爾國(guó)家實(shí)驗(yàn)室(Lawrence Livermore National Laboratory)已經(jīng)部署了一個(gè)代號(hào) Mammoth 的大內(nèi)存高性能計(jì)算集群，該集群使...美國(guó)勞倫斯·利弗莫爾國(guó)家實(shí)驗(yàn)室(Lawrence Livermore National Laboratory)已經(jīng)部署了一個(gè)代號(hào)“Mammoth”的大內(nèi)存高性能計(jì)算集群，該集群使用AMD的芯片幫助科學(xué)家們進(jìn)行COVID-19方面的研究。

Mammoth系統(tǒng)由64臺(tái)服務(wù)器組成，每臺(tái)服務(wù)器均配備了2個(gè)AMD Epyc CPU。

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該系統(tǒng)總共有8192個(gè)處理器核心，據(jù)說在處理雙精度浮點(diǎn)值時(shí)的峰值性能為294 teraflops。雙精度浮點(diǎn)值是一種數(shù)據(jù)單位，每個(gè)單位占用64個(gè)位，在科學(xué)計(jì)算中很受歡迎，因?yàn)榭梢匀菁{非常大的分?jǐn)?shù)。

Mammoth與大多數(shù)高性能計(jì)算群集的不同之處在于，它的亮點(diǎn)是內(nèi)存而不是原始計(jì)算能力。這64臺(tái)服務(wù)器中，每臺(tái)服務(wù)器都是基于2個(gè)Epyc CPU的，有2 TB高速DRAM內(nèi)存，以及近4 TB的非易失性內(nèi)存。

這種不同尋常的系統(tǒng)設(shè)計(jì)與計(jì)算效率有關(guān)。勞倫斯·利弗莫爾國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的科學(xué)家正在運(yùn)行病毒模擬和其他需要處理大量數(shù)據(jù)集的復(fù)雜工作負(fù)載，用于進(jìn)行COVID-19方面的研究。

這些數(shù)據(jù)集在某些情況下過于龐大使得標(biāo)準(zhǔn)服務(wù)器內(nèi)存無法容納，因此必須在多臺(tái)計(jì)算機(jī)之間進(jìn)行拆分，這會(huì)導(dǎo)致效率低下，從而降低了處理速度。Mammoth系統(tǒng)的內(nèi)存優(yōu)化服務(wù)器打破了這個(gè)限制。

勞倫斯·利弗莫爾國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的計(jì)算機(jī)科學(xué)家Thomas Desautels解釋說：“在我們的工作流程中，我們使用Rosetta Flex來計(jì)算結(jié)合自由能(一種蛋白質(zhì)特性)，Rosetta Flex代碼在其他系統(tǒng)上運(yùn)行的時(shí)候會(huì)受到內(nèi)存的限制，每個(gè)計(jì)算最多可以同時(shí)運(yùn)行12或者16次計(jì)算。Mammoth讓我們能夠在單個(gè)節(jié)點(diǎn)上同時(shí)運(yùn)行128個(gè)Rosetta Flex計(jì)算，從而將吞吐量提高約8倍。”

據(jù)稱Mammoth可以將某些基因組分析的時(shí)間從幾天縮短到幾個(gè)小時(shí)。此外，勞倫斯·利弗莫爾國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的科學(xué)家們花費(fèi)在將數(shù)據(jù)集分成較小的塊以克服服務(wù)器內(nèi)存限制上的時(shí)間，也進(jìn)一步縮短了。

該項(xiàng)目也讓AMD Epyc CPU在能夠支持內(nèi)存密集型計(jì)算能力的背景下，得到了更有力的驗(yàn)證。能夠?qū)⒋罅繑?shù)據(jù)一次性地存儲(chǔ)在內(nèi)存中，這一能力不僅對(duì)科學(xué)工作負(fù)載很重要，對(duì)于企業(yè)分析應(yīng)用和數(shù)據(jù)庫這一龐大的市場(chǎng)來說也很重要。

同時(shí)，Mammoth系統(tǒng)也是AMD最近一系列高性能計(jì)算最新成果之一。此前，AMD與HPE旗下Cray受美國(guó)能源部委托合作構(gòu)建了占地面積達(dá)兩個(gè)籃球場(chǎng)大小的1.5exaflop超級(jí)計(jì)算機(jī)。

新聞標(biāo)題：AMD打造基于EpycCPU的Mammoth新型大內(nèi)存計(jì)算集群
URL分享：http://www.rwnh.cn/article36/cpphpg.html

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