GtRNAdb:tRNA數(shù)據(jù)的示例分析，相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策，為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。

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GtRNAdb收錄了不同物種的tRNA序列信息，這些tRNA都是通過tRNAscan-SE 2.0軟件預(yù)測得到，官網(wǎng)如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/

最新版本收錄了超過4300個物種的tRNA序列，詳細(xì)統(tǒng)計信息如下

通過該網(wǎng)站，我們可以檢索物種對應(yīng)的tRNA結(jié)果，也可以進(jìn)行BLAST比對。

1. 檢索功能

支持通過物種進(jìn)行檢索，根據(jù)進(jìn)化關(guān)系，篩選感興趣的物種，鏈接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/browse.html

點擊三角符號展開，然后篩選相應(yīng)的次級分類即可。以hg38為例，檢索結(jié)果鏈接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/eukaryota/Hsapi38/

通過左側(cè)的菜單欄，可以詳細(xì)查看對應(yīng)的信息。通過FASTA Seqs菜單，可以下載tRNA序列。

2. blast 比對功能

通過比對tRNA數(shù)據(jù)庫，確定輸入序列類型，鏈接如下

http://gtrnadb.ucsc.edu/blast.html

需要注意的是，在某些物種中，存在由tRNA衍生出來的重復(fù)序列，這些序列一級結(jié)構(gòu)與tRNA非常接近，所以在tRNAscan-SE的預(yù)測結(jié)果中，會存在部分假陽性結(jié)果。GtRNAdb利用特定算法，對tRNAscan-SE直接預(yù)測的結(jié)果進(jìn)行了一個過濾，降低了假陽性率。

對于數(shù)據(jù)庫中已知的物種，建議直接利用數(shù)據(jù)庫中的序列就好；對于數(shù)據(jù)庫中沒有的物種，再直接用tRNAscan-SE 進(jìn)行預(yù)測。

看完上述內(nèi)容，你們掌握GtRNAdb:tRNA數(shù)據(jù)的示例分析的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！

文章名稱：GtRNAdb:tRNA數(shù)據(jù)的示例分析
鏈接URL：http://www.rwnh.cn/article2/jipgoc.html

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