GtRNAdb:tRNA數(shù)據(jù)的示例分析,相信很多沒有經(jīng)驗的人對此束手無策,為此本文總結(jié)了問題出現(xiàn)的原因和解決方法,通過這篇文章希望你能解決這個問題。
貴溪ssl適用于網(wǎng)站、小程序/APP、API接口等需要進(jìn)行數(shù)據(jù)傳輸應(yīng)用場景,ssl證書未來市場廣闊!成為成都創(chuàng)新互聯(lián)的ssl證書銷售渠道,可以享受市場價格4-6折優(yōu)惠!如果有意向歡迎電話聯(lián)系或者加微信:18982081108(備注:SSL證書合作)期待與您的合作!
GtRNAdb收錄了不同物種的tRNA序列信息,這些tRNA都是通過tRNAscan-SE 2.0軟件預(yù)測得到,官網(wǎng)如下
http://gtrnadb.ucsc.edu/
最新版本收錄了超過4300個物種的tRNA序列,詳細(xì)統(tǒng)計信息如下
通過該網(wǎng)站,我們可以檢索物種對應(yīng)的tRNA結(jié)果,也可以進(jìn)行BLAST比對。
支持通過物種進(jìn)行檢索,根據(jù)進(jìn)化關(guān)系,篩選感興趣的物種,鏈接如下
http://gtrnadb.ucsc.edu/browse.html
點擊三角符號展開,然后篩選相應(yīng)的次級分類即可。以hg38為例,檢索結(jié)果鏈接如下
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/eukaryota/Hsapi38/
通過左側(cè)的菜單欄,可以詳細(xì)查看對應(yīng)的信息。通過FASTA Seqs
菜單,可以下載tRNA序列。
通過比對tRNA數(shù)據(jù)庫,確定輸入序列類型,鏈接如下
http://gtrnadb.ucsc.edu/blast.html
需要注意的是,在某些物種中,存在由tRNA衍生出來的重復(fù)序列,這些序列一級結(jié)構(gòu)與tRNA非常接近,所以在tRNAscan-SE的預(yù)測結(jié)果中,會存在部分假陽性結(jié)果。GtRNAdb利用特定算法,對tRNAscan-SE直接預(yù)測的結(jié)果進(jìn)行了一個過濾,降低了假陽性率。
對于數(shù)據(jù)庫中已知的物種,建議直接利用數(shù)據(jù)庫中的序列就好;對于數(shù)據(jù)庫中沒有的物種,再直接用tRNAscan-SE 進(jìn)行預(yù)測。
看完上述內(nèi)容,你們掌握GtRNAdb:tRNA數(shù)據(jù)的示例分析的方法了嗎?如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容,歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道,感謝各位的閱讀!
文章名稱:GtRNAdb:tRNA數(shù)據(jù)的示例分析
鏈接URL:http://www.rwnh.cn/article2/jipgoc.html
成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián),為您提供軟件開發(fā)、網(wǎng)站排名、做網(wǎng)站、微信公眾號、響應(yīng)式網(wǎng)站、網(wǎng)站維護(hù)
聲明:本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容(圖片、視頻和文字)以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主,如果涉及侵權(quán)請盡快告知,我們將會在第一時間刪除。文章觀點不代表本網(wǎng)站立場,如需處理請聯(lián)系客服。電話:028-86922220;郵箱:631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載,或轉(zhuǎn)載時需注明來源: 創(chuàng)新互聯(lián)