第三方工具安裝:目前有很多方便的第三方軟件包工具,例如Ubuntu的apt-get、Mac的homebrew等。這種安裝方式適合那些熟悉相應(yīng)系統(tǒng)的用戶。
班瑪ssl適用于網(wǎng)站、小程序/APP、API接口等需要進(jìn)行數(shù)據(jù)傳輸應(yīng)用場(chǎng)景,ssl證書未來(lái)市場(chǎng)廣闊!成為創(chuàng)新互聯(lián)的ssl證書銷售渠道,可以享受市場(chǎng)價(jià)格4-6折優(yōu)惠!如果有意向歡迎電話聯(lián)系或者加微信:18980820575(備注:SSL證書合作)期待與您的合作!
gcc 只是個(gè)編譯器,不是編輯器,不能編輯程序 ubuntu下可以用vim或者gedit編輯程序,再用gcc編譯。
export PATH=$PATH:/usr/local/go/bin安裝到自定義位置Go二進(jìn)制文件默認(rèn)安裝到/usr/local/go,但是可以安裝Go工具到不同的位置,可以自行定義,只需要設(shè)置正確的環(huán)境變量。
python和其他指令碼語(yǔ)言如java、R、Perl 一樣,都可以直接在命令列里執(zhí)行指令碼程式。
接著出現(xiàn)下面的安裝界面,選擇一個(gè)磁盤,然后將語(yǔ)言選擇為“Chinese(Simplified)簡(jiǎn)體中文”,Installation size為Ubuntu環(huán)境的總共磁盤大小,然后是登錄用戶名和密碼,設(shè)置好了以后就點(diǎn)安裝繼續(xù)。
最近有粉絲反映說(shuō),利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候,發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說(shuō)美觀了,簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究,發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。
但是該方法存在一個(gè)很大的問(wèn)題,那就是當(dāng)x軸標(biāo)簽數(shù)量很多時(shí),那么就無(wú)法通過(guò)這樣的方法進(jìn)行解決了。方法二是方法一的逆向思路,既然可以調(diào)大畫布,那么反過(guò)來(lái),我們也可以調(diào)小x軸標(biāo)簽字體。
單細(xì)胞富集分析我最常用的是 分組GSVA ,但最近用到了GO分析,就復(fù)習(xí)一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無(wú)比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集 (已注釋好,數(shù)據(jù)準(zhǔn)備見(jiàn) monocle )pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個(gè)樣本,沒(méi)辦法區(qū)分HC和病例組。
最近小Q在做自然選擇分析,分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析,并做了展示,比起氣泡圖,我模仿了另一種作圖方式,顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫富集分析示意圖(非氣泡圖)。
在是否需要構(gòu)建的問(wèn)題上,我看到徐洲更在 功能注釋后如何做富集分析 中提到 “你不需要構(gòu)建Orgdb,因?yàn)镺rgdb的用途是進(jìn)行基因編號(hào)和GO/KEGG的轉(zhuǎn)換。
GO富集的根本問(wèn)題在于一個(gè)基因?qū)?yīng)的GO term有多個(gè),一個(gè)term對(duì)應(yīng)多個(gè)gene,同時(shí)還有層級(jí)關(guān)系。這樣導(dǎo)致如果一個(gè)term顯著富集,那和它共享很多基因的term也會(huì)顯著富集。
1、它們通常都是被當(dāng)成第二語(yǔ)言,做一些輔助開(kāi)發(fā)的工作。其中Python只在極少數(shù)情況下,才被用來(lái)作為主要開(kāi)發(fā)語(yǔ)言。至于Go與Ruby,我目前還沒(méi)聽(tīng)說(shuō)過(guò)它們有被當(dāng)作主要開(kāi)發(fā)語(yǔ)言的例子。我所推薦的是從C#和JAVA兩者之間,二選一。。
2、go語(yǔ)言好。Go的語(yǔ)法接近C語(yǔ)言,但對(duì)于變量的聲明有所不同。Go支持垃圾回收功能。Go的并行模型是以東尼·霍爾的通信順序進(jìn)程為基礎(chǔ),采取類似模型的其他語(yǔ)言包括Occam和Limbo,但它也具有Pi運(yùn)算的特征,比如通道傳輸。
3、從功能的角度來(lái)看,目前大多數(shù)情況下go語(yǔ)言比python更好。Python是一種基于面向?qū)ο缶幊痰亩喾妒?,命令式和函?shù)式編程語(yǔ)言。Go語(yǔ)言是一種基于并發(fā)編程范式的過(guò)程編程語(yǔ)言,它與C語(yǔ)言具有表面的相似性。
分享名稱:r和go語(yǔ)言環(huán)境 r語(yǔ)言中進(jìn)行g(shù)o和kegg分析
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