小編給大家分享一下minfi是什么，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

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minfi 是一個(gè)用于分析DNA 甲基化芯片的R包。官網(wǎng)如下：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/minfi.html

如果要用這個(gè)包進(jìn)行分析，首先需要在R中將我們的芯片數(shù)據(jù)讀取進(jìn)來(lái)，就是常說(shuō)的import data。對(duì)于minfi 來(lái)說(shuō)，其設(shè)計(jì)思路是通過(guò)讀取SampleSheet.csv 文件，在事先約定好的目錄結(jié)構(gòu)中查找所有樣本的原始數(shù)據(jù)，來(lái)自動(dòng)化的讀取所有樣本的信息。

在illumina 的官方網(wǎng)站，我們可以找到對(duì)應(yīng)的SampleSheet 文件的模板和測(cè)試數(shù)據(jù)集

1. 850K：

   https://support.illumina.com/array/array_kits/infinium-methylationepic-beadchip-kit/downloads.html

2. 450K ：

   https://support.illumina.com/array/array_kits/infinium_humanmethylation450_beadchip_kit/downloads.html

450K 芯片的SampleSheet.csv 模板示例如下：

在SampelSheet 文件中, 開(kāi)頭的幾行是注釋信息，[Data] 下面的樣本的基本信息。

一張甲基化芯片上最多可以有12個(gè)樣本，每個(gè)樣本根據(jù)Sentrix_Position 標(biāo)識(shí)， 當(dāng)樣本個(gè)數(shù)大于12個(gè)時(shí)，必然需要另外一張芯片，對(duì)于每張芯片，使用Sentrix_ID標(biāo)識(shí)。minfi 就是通過(guò) Sentrix_ID 和  Sentrix_Position 這兩個(gè)字段來(lái)查找樣本的原始數(shù)據(jù)。

對(duì)于每個(gè)樣本，會(huì)有兩個(gè).idat 文件，基于示例的SampleSheet.csv 文件，對(duì)應(yīng)的文件名稱(chēng)為

200514040030_R01C01_Grn.idat
200514040030_R02C01_Red.idat

我們只需要整理成如下所示的目錄結(jié)構(gòu)就可以了

SampleSheet.csv
Sentrix_ID/
├── Sentrix_ID_Sentrix_Position.Grn.idat
└── Sentrix_ID_Sentrix_Position.Red.idat

SampleSheet.csv 文件在第一層，然后是每張芯片對(duì)應(yīng)的的Sentrix_ID 是一個(gè)目錄，在每個(gè)Sentrix_ID目錄下，是該芯片上樣本的原始數(shù)據(jù)，文件名稱(chēng)為 Sentrix_ID_Sentrix_Position.Grn.idat這種格式。

minfi 讀取數(shù)據(jù)

整理SampleSheet.csv 文件和對(duì)應(yīng)的目錄結(jié)構(gòu)之后，就可以在R中進(jìn)行讀取了。

read.metharray.sheet 函數(shù)讀取SampleSheet.csv 文件， 第一個(gè)參數(shù)為該文件所在的目錄，第二個(gè)參數(shù)為文件的名稱(chēng)，支持正則表達(dá)式，如果不習(xí)慣正則，直接指定為對(duì)應(yīng)的文件名稱(chēng)就好了。

 

read in the sample sheet for the experiment

targets <- read.metharray.sheet(dataDirectory, pattern=”SampleSheet.csv”)

read.metharray.exp 函數(shù)讀取樣本的.idat 文件，參數(shù)read.metharraty.sheet返回的對(duì)象

 

read in the raw data from the IDAT files

rgSet <- read.metharray.exp(targets=targets)

通過(guò)上面兩步，就實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)的讀取。

以上是“minfi是什么”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道！

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