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這篇文章主要介紹ITK-SNAP實(shí)現(xiàn)摳圖操作并保存mask的方法，文中示例代碼介紹的非常詳細(xì)，具有一定的參考價(jià)值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

問(wèn)題描述：

想要去掉圖像背景,只保留中心部分

目標(biāo)：

1.利用ITK-SNAP制作二值化標(biāo)簽(即mask)

2.利用軟件ITK-SNAP把一幅圖像中自己想要的部分摳出來(lái)

步驟:

1.保存mask

打開(kāi)ITK-SNAP ,這是一款可以方便進(jìn)行勾畫(huà)操作,制作標(biāo)簽的軟件

1.點(diǎn)擊勾畫(huà)按鈕

2.在圖像中選點(diǎn)進(jìn)行勾畫(huà)

3.勾畫(huà)完成后點(diǎn)擊accept,可以看到所勾畫(huà)的區(qū)域被標(biāo)簽顏色所覆蓋

4.滾動(dòng)鼠標(biāo)滾輪到下一層(對(duì)于3D圖像),繼續(xù)勾畫(huà)

tips:點(diǎn)擊"paste last polygon"按鈕使用上一層的勾畫(huà)結(jié)果,拖動(dòng)勾畫(huà)框可以進(jìn)行修改

5.勾畫(huà)完成后按ctrl+S保存圖像,此時(shí)所保存的即為二值化的mask(標(biāo)簽)

2.提取目標(biāo)區(qū)域（摳圖）

思想：將保存的二值化mask與原圖像做點(diǎn)乘，就可以將去除無(wú)關(guān)背景，得到中心區(qū)域的目標(biāo)圖像

方法：（對(duì)于nii格式的圖像）

import nibabel as nib
import numpy as np

index = list(['1','14','4','5','7','70','148'])#一共7張待處理圖像
for i in range (len(index)):
 #圖像位置
 nii_file = '/home/YinXiaolong/1909/MRBrainS18_data/training_corrected_selected/'+index[i]+'/data/reg_IR.nii.gz'
 nii_file2 = '/home/YinXiaolong/1910/mask_multiple/mask/' +'mask'+ index[i]+ '.nii.gz'
 #載入圖像
 img = nib.load(nii_file).get_fdata()
 img2 = nib.load(nii_file2).get_fdata()
 #兩幅圖像相乘
 img3 = np.multiply(img,img2)
 #將矩陣轉(zhuǎn)換為nii
 array_img = nib.Nifti1Image(img3,None)
 #保存并導(dǎo)出
 nib.save(array_img, 'reg_IR'+'_'+index[i]+'.nii')
 print('img'+index[i]+'Done')

名稱(chēng)欄目：ITK-SNAP實(shí)現(xiàn)摳圖操作并保存mask的方法-創(chuàng)新互聯(lián)
地址分享：http://www.rwnh.cn/article14/esege.html

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