今天就跟大家聊聊有關(guān)如何進(jìn)行一鍵批量計(jì)算ka和ks，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結(jié)了以下內(nèi)容，希望大家根據(jù)這篇文章可以有所收獲。

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    1. 下載ParaAT2.0

    （https://bigd.big.ac.cn/tools/paraat）

解壓后，“ParaAT.pl”是運(yùn)行的腳本。可以把解壓后的路徑加入環(huán)境變量，或者用腳本所在的絕對(duì)路徑來運(yùn)行也可以。

    2. 安裝所需的依賴工具，依賴工具需要加入環(huán)境變量

• 蛋白比對(duì)工具，推薦安裝muscle，比對(duì)效果相對(duì)最好，比對(duì)速度快，但

• KaKs_Calculator (http://bigd.big.ac.cn/tools/kaks)

    1. 同源基因列表，文件格式如下：

geneA1  geneA2  geneA3geneB1  geneB2  geneB3geneC1  geneC2  geneC3geneD1  geneD2  geneD3

每一行表示一組同源基因，每一列表示每個(gè)物種對(duì)應(yīng)的基因。gene ID之間用tab符隔開。

    2. fasta格式的蛋白序列文件和核酸序列文件，注意gene ID要與同源基因列表文件中的ID一致；

    3. 多線程運(yùn)行，指定線程數(shù)量的文件。

這個(gè)文件只需要寫入一個(gè)數(shù)字即可，表示有多少個(gè)線程同時(shí)運(yùn)行。

三種示例文件可以在解壓的安裝包中找到，分別是：test.homologs, test.pep, test.cds, proc

運(yùn)行代碼如下:

ParaAT.pl -h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc -m muscle -g -k -o result_dir

-h, 指定同源基因列表文件

-n, 指定核酸序列文件

-a, 指定蛋白序列文件

-p, 指定多線程文件

-m, 指定比對(duì)工具

-g, 去除比對(duì)有g(shù)ap的密碼子

-k, 用KaKs_Calculator 計(jì)算kaks值

-o, 輸出結(jié)果的目錄

注：

1. 如果需要用PAML，Hyphy等工具分析kaks時(shí)，ParaAT也可以生成這些工具所需的輸入文件（-f 參數(shù)）

2. 如果是細(xì)菌的序列，需要設(shè)置成細(xì)菌對(duì)應(yīng)的Genetic Code used （-c 11）。其他物種同理，默認(rèn)的是The Standard Code （-c 1）

看完上述內(nèi)容，你們對(duì)如何進(jìn)行一鍵批量計(jì)算ka和ks有進(jìn)一步的了解嗎？如果還想了解更多知識(shí)或者相關(guān)內(nèi)容，請(qǐng)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝大家的支持。

網(wǎng)頁名稱：如何進(jìn)行一鍵批量計(jì)算ka和ks
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