如何用R語(yǔ)言ggplot2畫小提琴圖

如何用R語(yǔ)言ggplot2畫小提琴圖，針對(duì)這個(gè)問(wèn)題，這篇文章詳細(xì)介紹了相對(duì)應(yīng)的分析和解答，希望可以幫助更多想解決這個(gè)問(wèn)題的小伙伴找到更簡(jiǎn)單易行的方法。

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今天推文的主要內(nèi)容是介紹如何使用R語(yǔ)言繪制散點(diǎn)圖并且添加擬合曲線和置信區(qū)間

補(bǔ)充材料Fig9 小提琴圖

數(shù)據(jù)格式如下

需要示例數(shù)據(jù)可以直接在文末留言

首先是讀入數(shù)據(jù)

df<-read.csv("Single_Cell/violineplot-1.csv",header=T)
colnames(df)
head(df)

最基本的小提琴圖

library(ggplot2)
#help(package="ggplot2")
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin()

更改主題設(shè)置，包括

去掉灰色背景
去掉網(wǎng)格線
添加坐標(biāo)軸的線

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())

將x軸文字標(biāo)簽更改為垂直

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))

更改坐標(biāo)軸的標(biāo)題，并給整幅圖添加一個(gè)標(biāo)題

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  labs(x=NULL,
       y=NULL,
       title = "Complexity")

填充顏色

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  labs(x=NULL,
       y=NULL,
       title = "Complexity")

疊加散點(diǎn)圖

ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  labs(x=NULL,
       y=NULL,
       title = "Complexity")+
  geom_jitter(size=0.5)

這樣的話論文中的圖就復(fù)現(xiàn)出來(lái)了。上圖疊加的散點(diǎn)圖是矩形的，最近看到一個(gè)函數(shù)geom_sina()可以讓散點(diǎn)圖也以小提琴的形狀顯示，我們?cè)囈幌掠眠@個(gè)函數(shù)的效果，這個(gè)函數(shù)來(lái)自ggforce這個(gè)包，使用前需要先加載

library(ggforce)
ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+
  geom_violin(aes(fill=cell.type),show.legend = F)+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5))+
  labs(x=NULL,
       y=NULL,
       title = "Complexity")+
  geom_sina(size=0.1,alpha=0.2)

這樣看起來(lái)比論文中的圖好像好看一點(diǎn)

關(guān)于如何用R語(yǔ)言ggplot2畫小提琴圖問(wèn)題的解答就分享到這里了，希望以上內(nèi)容可以對(duì)大家有一定的幫助，如果你還有很多疑惑沒(méi)有解開(kāi)，可以關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道了解更多相關(guān)知識(shí)。

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